Kleurryk hanteert in een aantal gevallen protocollen. Zo is er bijvoorbeeld  protocol voor medicijn-gebruik,  aanpak van pestgedrag en bestrijding van hoofdluis. Er zijn ook protocollen die in specifieke situaties gelden, zoals bij wegloopgedrag of epilepsie of bij echtscheiding van ouders.

De school heeft algemene gedragsregels opgesteld voor in de school en op het plein, maar ook specifieke regels en afspraken die gelden tijdens de gymlessen, of het leerlingenvervoer. Schoolregels hebben tot doel leerlingen een duidelijk en veilig pedagogisch klimaat te bieden. De schoolregels zijn op school ter inzage.